اهمیت مستند «رئیس سازمان» در این است که به‌جای آنکه تاریخ صداوسیما را صرفاً از مسیر تغییر مدیران و شرح دوره‌های مدیریتی روایت کند، مخاطب را با پرسش‌هایی درباره سازوکار قدرت، استقلال سازمانی و دشواری استقرار نظم اداری در سال‌های نخست پس از انقلاب مواجه می‌کند.
قسمت سوم مستند «رئیس سازمان» روایتی از روز‌هایی است که هنوز دو سال از پیروزی انقلاب نگذشته بود، اما سازمانی که قرار بود رسانه یک نظام سیاسی تازه باشد، خود به یکی از کانون‌های منازعه بر سر قدرت تبدیل شده بود.
آنچه در این قسمت روایت می‌شود، صرفاً مجموعه‌ای از اختلافات اداری یا درگیری میان مدیران نیست؛ مسئله، شکل‌گیری وضعیتی است که در آن مرز میان مدیریت سازمانی و اعمال نفوذ گروه‌های سیاسی به‌تدریج از میان می‌رود. گزارش روزنامه انقلاب اسلامی از ضرب‌وشتم معاون امور برنامه‌ها و تولید، خبر تیراندازی به‌سوی قائم‌مقام تلویزیون و روایت‌هایی از برکناری مدیران با دخالت افراد مسلح، نشانه‌هایی از بحرانی عمیق‌تر در ساختار اداره رسانه ملی آن روزگار است.
در چنین فضایی، مسئله فقط این نبود که چه کسی بر مسند مدیریت قرار می‌گیرد؛ پرسش اساسی این بود که اساساً چه کسی حق تصمیم‌گیری دارد و اقتدار مدیریتی از کجا ناشی می‌شود؟ وقتی یک مدیر می‌تواند تصمیم مدیر دیگر را با اتکا به گروهی خارج از سلسله‌مراتب سازمانی بی‌اثر کند، دیگر با یک اختلاف مدیریتی مواجه نیستیم؛ با تضعیف اصل حاکمیت ساختار و قواعد نهادی روبه‌رو هستیم.
یکی از نکات قابل تأمل در این روایت، شباهتی است که میان برخی مناسبات پیش و پس از انقلاب مطرح می‌شود: تغییر نظام سیاسی لزوماً به معنای تغییر فوری شیوه‌های اعمال قدرت نیست. ممکن است عنوان‌ها، شعار‌ها و صاحبان منازعه عوض شوند، اما اگر مناسبات مبتنی بر زور و حذف جای خود را به قانون، ضابطه و پاسخ‌گویی ندهند، صورت تازه‌ای از همان مسئله بازتولید خواهد شد.
اهمیت مستند «رئیس سازمان» نیز در همین نقطه آشکار می‌شود. این مجموعه به‌جای آنکه تاریخ صداوسیما را صرفاً از مسیر تغییر مدیران و شرح دوره‌های مدیریتی روایت کند، مخاطب را با پرسش‌هایی درباره سازوکار قدرت، استقلال سازمانی و دشواری استقرار نظم اداری در سال‌های نخست پس از انقلاب مواجه می‌کند. بازخوانی این تجربه‌ها فرصتی است برای فهم اینکه نهاد‌ها تنها با تغییر مدیران و ساختار‌های رسمی متحول نمی‌شوند؛ تحول واقعی زمانی رخ می‌دهد که قواعد اداره آنها نیز دگرگون شود.