دو سند تاریخی، مسیر علمی شهید آیت‌الله دکتر بهشتی را از تأیید تحصیلات حوزوی به دست آیت‌الله کاشانی برای ورود به دانشکده معقول و منقول (الهیات) تا دفاع از رساله دکتری در دانشگاه تهران روایت می‌کنند.
به گزارش خبرگزاری کتاب ایران(ایبنا) به نقل از پایگاه اطلاع‌رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ مسیر علمی آیت‌الله دکتر سید محمد حسینی بهشتی از پیوند میان آموزش‌های حوزوی و تحصیلات دانشگاهی حکایت دارد. مسیری که دو سند، دو مقطع مهم آن را روشن می‌کند. نخست، تأیید صلاحیت علمی و حوزوی ایشان با گواهی منسوب به آیت‌الله سید ابوالقاسم کاشانی برای ورد به دانشکده معقول و منقول دانشگاه تهران و سپس ثبت جلسه دفاع از رساله دکتری در دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه تهران.
در نخستین سند، آیت‌الله سید ابوالقاسم کاشانی با دستخط خود، شایستگی علمی و پیشینه تحصیلات حوزوی سید محمد حسینی بهشتی را مورد توجه قرار داده است. در این نوشته، از علما و شخصیت‌های دینی درخواست شده است که تحصیل ایشان در علوم قدیمه را تصدیق کنند تا زمینه ادامه تحصیل در مراکز علمی برای وی فراهم شود.
سال‌ها بعد، سند دیگری از مرحله‌ای متفاوت در زندگی علمی آیت‌الله بهشتی خبر می‌دهد. این بار، نام ایشان نه در مقام طلبه‌ای برخوردار از تأییدیه حوزوی، بلکه در صورت‌جلسه رسمی دفاع از رساله دکتری دانشگاه تهران ثبت شده است. موضوع رساله، «مسائل ما بعد الطبیعه در قرآن» بود. عنوانی که از پرداختن ایشان به مسائل فلسفی و مباحث نظری قرآن در چارچوب پژوهشی دانشگاهی حکایت دارد. بر اساس صورت‌جلسه موجود، جلسه دفاع ساعت ۱۰ صبح روز سه‌شنبه اول بهمن ۱۳۵۳ در دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه تهران برگزار شد. ریاست جلسه را آقای شهابی (استاد راهنما) برعهده داشت و افرادی چون مرتضی مطهری، مصلح، دکتر آرین‌پور و دکتر مفتح نیز در شمار حاضران و ناظران علمی جلسه بودند. بدین‌ترتیب، رساله‌ای با موضوعی در مرز مطالعات قرآنی و مباحث فلسفی، در برابر جمعی از استادان دانشگاهی بررسی شد. صورت‌جلسه، پس از اشاره به ارائه رساله و پاسخ‌گویی آیت‌الله بهشتی به پرسش‌های مطرح‌شده، نتیجه ارزیابی را با درجه «بسیار خوب» ثبت کرده است.
