محمدرضا ظفرقندی با دفاع از واگذاری مدیریت برخی داروخانه‌های بیمارستانی به بخش خصوصی تأکید کرد که این تصمیم شامل همه بیمارستان‌های دولتی نیست و تنها زمانی اجرا می‌شود که بخش دولتی برای اداره داروخانه متقاضی نداشته باشد.
محمدرضا ظفرقندی، وزیر بهداشت، در واکنش به انتقادها درباره واگذاری داروخانه برخی بیمارستان‌های دولتی به بخش خصوصی و نگرانی‌ها از احتمال افزایش انگیزه سودآوری در فروش دارو به اقشار کم‌درآمد، توضیح داد که این سیاست در تمام بیمارستان‌های دولتی اجرا نشده است.
ظفرقندی با اشاره به فعالیت داروخانه‌های دولتی و دانشگاهی در بسیاری از بیمارستان‌ها گفت: اکثر بیمارستان‌های دولتی تحت پوشش داروخانه‌های دانشگاهی و دولتی، از جمله داروخانه ۱۳ آبان، فعالیت می‌کنند. به گفته او، بیش از ۹۰ درصد بیمارستان‌های وابسته به دانشگاه علوم پزشکی تهران با داروخانه ۱۳ آبان اداره می‌شوند که کاملاً دولتی است.
وزیر بهداشت در ادامه تأکید کرد واگذاری مدیریت داروخانه بیمارستان دولتی به بخش خصوصی تنها در شرایطی انجام می‌شود که از سوی بخش دولتی برای اداره آن تقاضایی وجود نداشته باشد.
این توضیحات در حالی مطرح می‌شود که منتقدان واگذاری داروخانه‌های بیمارستانی معتقدند این مراکز صرفاً محل عرضه و فروش دارو نیستند، بلکه باید ارتباط و هماهنگی مستمری با بخش‌های بستری، اتاق عمل، اورژانس و مراقبت‌های ویژه داشته باشند. از این منظر، چنانچه قراردادهای واگذاری، تأمین داروهای فوری و تخصصی و ارائه خدمات شبانه‌روزی را تضمین نکنند، ممکن است روند درمان بیماران با اختلال مواجه شود.
در دولت گذشته نیز بر واگذار نشدن داروخانه‌های بخش دولتی به بخش خصوصی تأکید شده بود؛ موضوعی که نشان می‌دهد نحوه مدیریت داروخانه‌های بیمارستانی و حدود مشارکت بخش خصوصی همچنان یکی از محورهای بحث در سیاست‌گذاری حوزه سلامت است.